| Об авторе: |
Харченко А. В. |
| Рубрика |
ОБЗОРЫ ЛИТЕРАТУРЫ |
| Тип статьи |
Обзорная статья |
| Аннотация |
Насыщенность геномов микросателлитными последовательностями являются результатом действия факторов, которые определяют их композиционные, структурные и термодинамические особенности. Микросателлиты могут находиться в геноме везде, как в некодирующих, так и в кодирующих последовательностях, влияя на транскрипционную активность. Полиморфизм микросателлитов может выявляться их морфологическими характеристиками. Интенсивное удлиннение микросателлитных последовательностей за счёт репликационных ошибок называется микросателлитными экспансиями. Способность повторов к экспансии зависит от длины микросателлитной последовательности. Соотношение между мутационным влиянием, которое ведёт к увеличению микросателлитных последовательностей за счёт прибавления повтора, соотносится с количеством мутаций, которые приводят к уменшению количества повторов в микросателлитах человека как 10:4. Полиморфизм микросателлитов может определяться их локализацией и ориентацией в геноме. Вторичная структура ДНК рассматривается сегодня как причина экспансии микросателлитных последовательностей. Сама вторичная структура ДНК является производной термодинамических характеристик её последовательности. Расчёты термодинамических характеристик повторяющихся последовательностей позволили разработать ряд модельных систем, оценивающих способность микросателлитных последовательностей влиять на модификации ДНК, формируя разные вторичные структуры, связанные с нестабильностью микросателлитов. Существует две группы маркеров, которые получают в результате PCR: первая – известна как STSs (sequence-tagged sites) с праймерами, сконструированными из известных последовательностей, и другая – которая базируется на свободных праймерах. Наиболее информативный или полиморфный STS-маркер появляется тогда, когда амплифицируется участок ДНК, который содержит последовательности микросателлитных повторов. Такой маркер, базируется на STS, и отмечен как simpl-sequence length polymorphism (SSLP) или sequence-tagged microsatellit site (STMS). Каждый STMS-маркер детектирует наследуемые кодоминантные алели в единичном локусе в геноме. |
| Ключевые слова |
микросателлитные последовательности, микросателлитные экспансии, ошибки репликации, нестабильность микросателлитов, маркеры на основе PCR |
| Список цитируемой литературы |
- Abramov D. D. Tochnost' metoda polimeraznoj cepnoj reakcii «v real'nom vremeni» / D. D. Abramov, D. Ju. Trofimov, D. V. Rebrikov // Prikl. Biohimija i mikrobiologija. – 2006. T.42. S.485 – 488.
- Markovs'kij V. D. Kompleksna patomorfologіchna diferencіjna dіagnostika peredpuhlinnih procesіv і raku shlunka / V. D. Markovs'kij, O. V. Harchenko // Patologіja. – 2012. – №3. – S. 15–18.
- Markovs'kij V. D. Vijavlennja disemіnovanih puhlinnih klіtin u periferichnіj krovі u hvorih na virazkovo-іnfіl'trativnij rak shlunka / V. D. Markovs'kij, O. V. Harchenko // Vіsnik morfologії. – 2012. –T.18, №1. – S.135–139.
- Pat. 76768 Ukraїna A61V 10/00. Sposіb dіagnostiki іnfіl'trativno-virazkovogo raku shlunka / O.V. Harchenko, V.D. Markovs'kij, V.M. Balac'kij. – u 2012 09011; zajavl. 23.07.2012.; opubl. 10.01.2013; Bjul. №1.
- Rebrikov D. V. PCR «v real'nom vremeni» / D. V. Rebrikov, G. A. Samatov, D. Ju. Trofimov [i dr.] // – M. : BINOM. Laboratorija znanij, - 2009. – 215 s.
- Baldi P. Sequence analysis by additive scales: DNA structure for sequences and repeats lengths / P. Baldi, P.F. Baisnee // Bioinformatics. – 2000. – Vol. 16. – P. 865 – 889.
- Bull L. Compound microsatellite repeats: practical and theoretical feautures / L. Bull, C.R. Pabon-Pena., N. B. Freimer // Genome Res. – 2000. – №9 . – P. 830 – 838.
- Brohede J. Individual variation in microsatellite mutation rate in barn swallows / J. Brohede, A.P. Moller, H. Ellegren // Mutat Res. – 2004. - №12. - Р.73-80.
- Bordoni A. A microarray platform for parallel detection of five transgenic events in foods: a combined polimerase chain reaction-ligation detection reaction-universal array method / A. Bordoni, A. Germini, A. Mezzelani [et al.] // J Agric Food Chem., - 2005. – Vol. 53 – P. 912 – 918.
- Cleary J. D. Replication fork dynamics and dynamic mutations: the fork-shift model of repeat instability / J. D. Cleary, C. E. Pearson // Trends Genet. – 2005. – № 21. – Р. 272–280.
- Cowan C. A. Nuclear reprogrammin of somatic cells after fusion with humen embryonic stem cells / C.A. Cowan // Science. – 2005. – Vol. 309. – P.1369 – 1373.
- Hartenstine M. J. Base stacking and even/odd behavior of hairpin loops in DNA triplet repeat slippage and expansion with DNA polymerase / M.J. Hartenstine, M.F. Goodman, J. Petruska // J Biol Chem. – 2000. – №24. – Р.18382 – 18390.
- Hernandez M. Interlaboratory transfer of a PCR multiplex method for simeltaneous detection of four genetically modified maize lines: Bt11, MON810, T25, and GA21 / M. Hernandez, D. Rodrnguez-Lbzaro, D. Zhang [et al.] // Jagric Food Chem. – 2005. Vol.53 – P. 3333 – 3337.
- Leontis N. B. The non-Watson–Crick base pairs and their associated isostericity matrices / N.B. Leontis, N. Stombaugh, J. Westhof // Nucl.Acid.Res. – 2002. – № 3. – Р. 3497 – 3591.
- Makova K. D. Evolution of microsatellite alleles in four species of mise Genus apodemus / K.D. Makova, A. Nekrutenko, R.J. Baker // J Mol Evol. – 2000. – № 51. – Р.166 – 172.
- Scotti I. Microsatellite repeats are not randomly distributed within Norway sprue (Picea abies K.) expressed sequences / I. Scotti, F. Magni, R. Fink [et al.] // Genome. – 2000. – № 4. – Р. 41 – 46.
- Wren D. J. Repeat polymorphisms within gene regions: phenotypic and evolutionary implication / D. J. Wren, E. Forgacs, J.W. Fondon [et al.] // – 2000. - № 67. – Р.345 – 356.
- Xu X. The direction of microsatellite mutations is dependent upon allele length / X. Xu, M. Peng, Z. Fang // Nat Genet. – 2000. – Vol.4. – №4. – Р. 396 – 399.
|
| Публикация статьи |
«Мир Медицины и Биологии» №2(50) 2 часть 2015 год, 221-225 страницы, код УДК 616 – 006.6 : 577.2 |
