ГЕНОТИПУВАННЯ ТА ФІЛОГЕНЕТИЧНИЙ АНАЛІЗ ШТАМІВ FRANCISELLA TULARENSIS HOLARTICA, ІЗОЛЬОВАНИХ НА ТЕРИТОРІЇ УКРАЇНИ

Автор(и):

Анотація:

Вперше в Україні надана детальна генотипова характеристика колекції штамів (197) F. tularensis holarctica, ізольованих як на тлі епідемічних ускладнень, так і в міжепідемічний період. Джерелами збудника були: кліщі (56,30 %), дрібні ссавці (22,30 %) та водне середовище (19,30 %), від людей виділено три ізоляти (2,03 %). На території України виявлено значне генетичне розмаїття збудника з домінуванням генотипів, віднесених до геногрупи А (81,21 %), геногрупи В і С зустрічались у 11,68 % та 7,11 % відповідно, що відрізняє генетичний склад збудника, що циркулює на території більшості європейських країн. За даними ПЛР аналізу VNTR-локусів сконструйовано дендрограму. розраховано генетичні дистанції між ізолятами, а також виявлено певні закономірності стосовно їх молекулярно-генетичного поліморфізму. Встановлено, що найбільш генетично віддаленими від групи А є ізоляти, що належать до генотипів групи С. Генетичні дистанції між ізолятами групи А та С становлять 0,24. Різниця генетичних дистанцій між збудниками з генотипами А та В мінімальна і становить 0,15, що може свідчити про їх близьку спорідненість, хоча вони були ізольовані в різні роки і в різних регіонах України. Спостерігається тенденція до спорідненості ізолятів залежно від належності до певного господаря та географічного походження, що свідчить про сумарний вплив цих факторів на процеси мікроеволюції при формуванні генотипу.

Ключові слова:

Francisella tularensis holartica генетичний поліморфізм філогенетичний аналіз ризик активації Україна

Посилання:

1. Dzhurtubayieva HM, Halayev OV, Pylypenko NV, Parkhomenko NB Patent Ukrayiny 10.12.2012. UA 75546 Multypleksna PLR test-systema dlya detektsiyi zbudnyka tulyaremiyi. Byuleten №23. uapatents.com/9-75546-multipleksna-plr-test-sistema-dlya-detekci-zbudnika-tulyaremi.html [in Ukrainian]
2. Nebohatkin I, Novokhatniy Yu, Vydayko N, Bilonik O, Svita V Tulyaremiya v Ukrayini, suchasne landshaftno-heohrafichne podilennya oseredkiv, transkordonnyy aspekt. Veterynarna medytsyna. 2017. 103:56-57 [in Ukrainian]
3. Buettcher M, Egli A, Albini S, Altpeter E, Labutin A, Guidi V, et al. Tularemia on the rise in Switzerland? A one health approach is needed! Infection. 2024;52:1165–1169. doi.org/10.1007/s15010-024-02218-9
4. Buhler K, Bouchard É, Elmore S, Samelius G, Jackson J, Tomaselli M Tularemia above the Treeline: Climate and Rodent Abundance Influences Exposure of a Sentinel Species, the Arctic Fox (Vulpes lagopus), to Francisella tularensis. Pathogens. 2023;12(1):28 doi.org/10.3390/pathogens12010028
5. Choat J, Young J, Petersen JM, Dietrich EA. Antimicrobial Susceptibility of Francisella tularensis Isolates in the United States, 2009-2018. Clin Infect Dis. 2024 Jan 31;78(Suppl 1):54–56. doi: 10.1093/cid/ciad680.
6. Formińska K, Wołkowicza T, Brodzika K, Stefanoffa P, Gołąba E, Masnya А, et al Genetic diversity of Francisella tularensis in Poland with comments on MLVA genotyping and a proposition of a novel rapid v4-genotyping. Ticks and Tick-borne Diseases. 2020;11:1013–22. doi.org/10.1016/j.ttbdis.2019.101322
7. Grunow R, Kalaveshi A, Kühn A, Mulliqi-Osmani G, Ramadani N. Surveillance of tularaemia in Kosovo, 2001 to 2010. Euro Surveill. 2012. Jul 12;17(28):202-17. doi: 10.2807/ese.17.28.20217-en.
8. Isidro J, Escudero R, Luque-Larena JJ, Pinto M, Borges V, González-Martín-Niño R, et al. Strengthening the genomic surveillance of Francisella tularensis by using culture-free whole-genome sequencing from biological samples. Front Microbiol. 2024 Jan 5;14:1277468. doi: 10.3389/fmicb.2023.1277468.
9. Kevin M, Girault G, Caspar Y, Cherfa MA, Mendy C, Tomaso H, et al. Phylogeography and Genetic Diversity of Francisella tularensis subsp. holarctica in France (1947-2018). Front Microbiol. 2020 Mar 4;11:287. doi: 10.3389/fmicb.2020.00287.
10. Linde J, Homeier-Bachmann T, Dangel A, Riehm JM, Sundell D, Öhrman C, et al. Genotyping of Francisella tularensis subsp. holarctica from Hares in Germany.Microorganisms.2020;8(12):1932. doi:10.3390/microorganisms8121932.
11. Narayanan S, Couger B, Bates H, Gupta SK, Malayer J, Ramachandran A. Characterization of three Francisella tularensis genomes from Oklahoma, USA. Access Microbiol. 2023 Jun 14;5(6):acmi000451. doi: 10.1099/acmi.0.000451
12. Rodríguez-Pastor R, Escudero R, Vidal D, Mougeot F, Arroyo B, Lambin X et al. Density-Dependent Prevalence of Francisella tularensis in Fluctuating Vole Populations, Northwestern Spain. Emerg Infect Dis. 2017 Aug;23(8):1377–1379. doi: 10.3201/eid2308.161194.
13. Regoui S, Hennebique A, Girard T, Boisset S, Caspar Y, Maurin M. Optimized MALDI TOF Mass Spectrometry Identification of Francisella tularensis subsp. holarctica. Microorganisms. 2020 Jul 28;8(8):1143. doi: 10.3390/microorganisms8081143.
14. Tamura K, Stecher G, Kumar S. MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 11. Mol Biol Evol. 2021 Jun 25;38(7):3022–3027. doi: 10.1093/molbev/msab120.
15. WHO. Guidelines on tularaemia. World Health Organization. 2007‎. iris.who.int/handle/10665/43793

Публікація:

«Світ медицини та біології» Том 20 № 88 (2024) , с. 33-40
УДК 616.98:579.843.95]-036.2(477)

DOI:

https://doi.org/10.26724/2079-8334-2024-2-88-33-40