| Про автора: |
О. В. Харченко |
| Рубрика |
ОГЛЯДИ ЛІТЕРАТУРИ |
| Тип статті |
Оглядова стаття |
| Анотація |
Насиченість геномів мікросателітними послідовностями є результатом дії факторів, які визначають їх композиційні, структурні та термодинамічні особливості. Мікросателіти можуть знаходитись в геномі скрізь, як в некодуючих, так і в кодуючих послідовностях, впливаючи на транскрипційну активність. Поліморфізм мікросателітів може бути виявлений їх морфологічними характеристиками. Інтенсивне подовжання мікросателітних послідовностей за рахунок реплікаційних помилок має назву мікросателітної експансії. Здатність повторів до експансії залежить від довжини мікросателітної послідовності. Співвідношення між мутаційними подіями, що призводять до збільшення мікросателітних послідовностей за рахунок додавання повтору, співвідносяться з кількістю мутацій, що призводять до зменшення кількості повторів в мікросателітах людини як 10:4.
Поліморфізм мікросателітів може визначатись їх локалізацією та орієнтацією в геномі. Вторинна структура ДНК розглядається сьогодні як причина експансії мікросателітних послідовностей. Сама вторинна структура ДНК є похідною термодинамічних характеристик її послідовності. Розрахунки термодинамічних характеристик повторюваних послідовностей дозволили розробити ряд модельних систем, оцінюючих здатність мікросателітних послідовностей впливати на модифікації ДНК, формуючи різні вторинні структури, пов’язані з нестабільністю мікросателітів. Існує дві групи маркерів, що отримують в результаті PCR: перша –відома як STSs (sequence-tagged sites) з праймерами, сконструйованими з відомих послідовностей, і друга – що базується на довільних праймерах. Найінформативніший або поліморфний STS-маркер з’являється тоді, коли ампліфікується дільниця ДНК, що вміщує послідовності мікросателітних повторів. Такий маркер, базується на STS, і позначений як simpl-sequence length polymorphism (SSLP) або sequence-tagged microsatellit site (STMS). Кожний STMS-маркер детектує успадковані кодомінантні алелі в одиничному локусі в геномі.
|
| Ключові слова |
мікросателітні послідовності, мікросателітні експансії, помилки реплікації, нестабільність мікросателітів, маркери на основі PCR |
| Список цитованої літератури |
- Abramov D. D. Tochnost' metoda polimeraznoj cepnoj reakcii «v real'nom vremeni» / D. D. Abramov, D. Ju. Trofimov, D. V. Rebrikov // Prikl. Biohimija i mikrobiologija. – 2006. T.42. S.485 – 488.
- Markovs'kij V. D. Kompleksna patomorfologіchna diferencіjna dіagnostika peredpuhlinnih procesіv і raku shlunka / V. D. Markovs'kij, O. V. Harchenko // Patologіja. – 2012. – №3. – S. 15–18.
- Markovs'kij V. D. Vijavlennja disemіnovanih puhlinnih klіtin u periferichnіj krovі u hvorih na virazkovo-іnfіl'trativnij rak shlunka / V. D. Markovs'kij, O. V. Harchenko // Vіsnik morfologії. – 2012. –T.18, №1. – S.135–139.
- Pat. 76768 Ukraїna A61V 10/00. Sposіb dіagnostiki іnfіl'trativno-virazkovogo raku shlunka / O.V. Harchenko, V.D. Markovs'kij, V.M. Balac'kij. – u 2012 09011; zajavl. 23.07.2012.; opubl. 10.01.2013; Bjul. №1.
- Rebrikov D. V. PCR «v real'nom vremeni» / D. V. Rebrikov, G. A. Samatov, D. Ju. Trofimov [i dr.] // – M. : BINOM. Laboratorija znanij, - 2009. – 215 s.
- Baldi P. Sequence analysis by additive scales: DNA structure for sequences and repeats lengths / P. Baldi, P.F. Baisnee // Bioinformatics. – 2000. – Vol. 16. – P. 865 – 889.
- Bull L. Compound microsatellite repeats: practical and theoretical feautures / L. Bull, C.R. Pabon-Pena., N. B. Freimer // Genome Res. – 2000. – №9 . – P. 830 – 838.
- Brohede J. Individual variation in microsatellite mutation rate in barn swallows / J. Brohede, A.P. Moller, H. Ellegren // Mutat Res. – 2004. - №12. - Р.73-80.
- Bordoni A. A microarray platform for parallel detection of five transgenic events in foods: a combined polimerase chain reaction-ligation detection reaction-universal array method / A. Bordoni, A. Germini, A. Mezzelani [et al.] // J Agric Food Chem., - 2005. – Vol. 53 – P. 912 – 918.
- Cleary J. D. Replication fork dynamics and dynamic mutations: the fork-shift model of repeat instability / J. D. Cleary, C. E. Pearson // Trends Genet. – 2005. – № 21. – Р. 272–280.
- Cowan C. A. Nuclear reprogrammin of somatic cells after fusion with humen embryonic stem cells / C.A. Cowan // Science. – 2005. – Vol. 309. – P.1369 – 1373.
- Hartenstine M. J. Base stacking and even/odd behavior of hairpin loops in DNA triplet repeat slippage and expansion with DNA polymerase / M.J. Hartenstine, M.F. Goodman, J. Petruska // J Biol Chem. – 2000. – №24. – Р.18382 – 18390.
- Hernandez M. Interlaboratory transfer of a PCR multiplex method for simeltaneous detection of four genetically modified maize lines: Bt11, MON810, T25, and GA21 / M. Hernandez, D. Rodrnguez-Lbzaro, D. Zhang [et al.] // Jagric Food Chem. – 2005. Vol.53 – P. 3333 – 3337.
- Leontis N. B. The non-Watson–Crick base pairs and their associated isostericity matrices / N.B. Leontis, N. Stombaugh, J. Westhof // Nucl.Acid.Res. – 2002. – № 3. – Р. 3497 – 3591.
- Makova K. D. Evolution of microsatellite alleles in four species of mise Genus apodemus / K.D. Makova, A. Nekrutenko, R.J. Baker // J Mol Evol. – 2000. – № 51. – Р.166 – 172.
- Scotti I. Microsatellite repeats are not randomly distributed within Norway sprue (Picea abies K.) expressed sequences / I. Scotti, F. Magni, R. Fink [et al.] // Genome. – 2000. – № 4. – Р. 41 – 46.
- Wren D. J. Repeat polymorphisms within gene regions: phenotypic and evolutionary implication / D. J. Wren, E. Forgacs, J.W. Fondon [et al.] // – 2000. - № 67. – Р.345 – 356.
- Xu X. The direction of microsatellite mutations is dependent upon allele length / X. Xu, M. Peng, Z. Fang // Nat Genet. – 2000. – Vol.4. – №4. – Р. 396 – 399.
|
| Публікація статті |
«Світ Медицини та Біології» №2(50) 2 частина 2015 рік
, 221-225 сторінки, код УДК 616 – 006.6 : 577.2 |
